暗部组织，是指那些不会在明面上路面，只会在暗地里行动，在普通人中名声不显的组织，像是垣根帝督领导的“学校”，麦野沈利领导的“道具”，还有？“区块”、“猎犬部队”、“黑鸦部队”等。
这一类的暗部组织，一般都是处理灭口、暗杀、镇压这一类的脏活，大多隶属于统括理事会，要么就是隶属于某位上位者，总之就是上层手中的刀，听上位者命令行事。
而另外一类暗部组织，则是不属于上位者，属于民间组织，如有富春树领导的“udy”，还有武装无能力力集团中的“sk”和“r”，这一类的组织没有官方背景，但也同样是掩藏在普通社会之下，一样会做一些脏活。