道子带着伤感，替皇帝下诏抚慰王恭，为自己的错误行为道歉。而后，把大小事交给了年仅十六岁的儿子司马元显处理。
自己明着讨伐的对象伏法，皇帝和太傅语气也低，收获威望的王恭也就收兵，回镇京口。
相较之下，殷仲堪就有点雷声大，雨点小了。一直犹豫不定的殷仲堪直到收到王国宝伏诛的消息，却大模大样地做出出兵的姿态，派杨佺期驻守巴陵。司马道子亲自修书安慰，劝其罢兵，仲堪才下令撤回军队。
对于殷仲堪此举，桓玄略有忧虑。杨佺期，北方名将，年轻时曾经抗击过苻坚部将，在洛阳屡建战功，后来因病离职，就被殷仲堪招揽为司马，现在又代替殷觊为南郡相。他和他的兄长杨广都是强犷粗暴的人，不易被控制。
杨佺期的祖上七代都有名望，但是过江晚，东晋的世族都看不起他，而他又自恃家世，有人将他和王珣做比，他还不满足。现在他在南郡碍眼，作为南郡公的桓玄自然是看不顺眼。
殷仲堪没什么军事才能，几乎把自己手下掌握的兵力都交给佺期管，这让桓玄很难对殷的部队下手。杨佺期倒是有意找桓玄了解荆州的情况，桓玄对他冷冷淡淡，逐渐地，二人的关系僵化。
另一边，王恭起兵时联结正在居母丧的王廞，廞于是起兵响应，后王恭罢兵命王廞离职，继续服丧。然而王廞当时已经乘着起兵诛除不少异己者，不能就此罢手，而且，当初冒天下之大不讳解服起兵，现在说退就退，将来如何立威？于是不听王恭命令，更出兵讨伐王恭。王恭见状，于是命司马刘牢之领兵击败王廞，王廞逃亡失纵。
这件事看似不大，但是却恶化了王恭和王珣的关系，王廞是王珣的堂弟。而王恭起兵后和桓玄的关系更是进一步变好，恭常常向桓玄抱怨各种事情。就连对殷仲堪的故意迟发兵的不满，他都会在信中诉说。可是，王珣又来书劝桓玄少和王恭接触，这让桓玄十分为难。